Биоинформатик-программист — ФГБУ ЦСП ФМБА России

Отдел биоинформатики и системного анализа ищет специалистов для работы с данными секвенирования человека. За последние годы опубликованы результаты по нескольким масштабным проектам, в которых мы приняли непосредственное участие:

1. База данных популяционных частот генетических вариантов населения Российской Федерации. Для создания Базы использовали данные полногеномного секвенирования 120 тысяч человек со всей России.
2. Российский референсный геном человека
3. Российский эталонный образец

Мы активно развиваем эти проекты и запускаем ряд новых исследований в медицинской сфере. Для реализации всех планов мы расширяем команду биоинформатиков и рассматриваем резюме опытных специалистов. Сейчас нам особенно интересны специалисты, готовые развиваться в сторону более технической биоинформатики (поддержание и обновление существующих пайплайнов, тестирование новых программ, обеспечение воспроизводимости результатов обработки данных, оптимизация потребления ресурсов, написание технической документации). Краеугольным камнем отдела являются систематизация, основательный подход, ответственность и аккуратность.

Обязанности:

• Поддержание и развитие существующих пайплайнов по анализу данных секвенирования (WGS, RNASeq).
• Компиляция и установка биоинформатических программ.
• Дебаг и исправление ошибок в чужом коде.
• Разработка и ведение технической документации.
• Описание результатов исследований в форме информационно-аналитических отчетов и справок.

Требования:

Основные:

1. Знание как минимум одного языка программирования на продвинутом уровне.
2. Опыт работы в командной строке (bash), владение Git.
3. Умение работать с вычислительными кластерами
4. Знание английского языка на уровне чтения технической документации и научных статей.
5. Навыки самостоятельной работы; готовность брать на себя ответственность за результат.
6. Готовность заниматься методической работой, написанием технической документации.
7. Быстрая обучаемость.
8. Внимательность, аккуратность.

Организационные:

1. Наличие диплома о высшем образовании. В приоритете техническое, математическое, биоинформатическое, медико-биологическое образование.
2. Очное присутствие в офисе в Москве обязательно.

Будет плюсом:

1. Знание основ генетики человека, молекулярной биологии.
2. Понимание принципов работы технологий высокопроизводительного секвенирования.
3. Наличие открытых репозиториев на Github.
4. Готовность участвовать в написании научных статей.
5. Опыт представления результатов в виде статей, докладов.
6. Инициативность.

Зарплата:

120-200 тыс. руб. в зависимости от навыков, опыта работы и скорости обучения. Выход за рамки вилки возможен и оговаривается отдельно.

Условия:

• График работы: 9:30-18:00 (включая 30 минут на обед). При необходимости есть возможность сдвинуть время начала рабочего дня.
• Работа исключительно очно (метро Щукинская, МЦД Стрешнево), удаленного формата нет.
• Индивидуальное рабочее место с мощным ноутбуком и двумя мониторами.
• Возможно прикрепление к ведомственной поликлинике.
• Парковка есть, оговаривается индивидуально.

Что мы можем предложить:

1. Разнообразные задачи в зависимости от имеющихся навыков и желаемой траектории развития.
2. Очень много данных и мощная инфраструктура для их анализа.
3. Прозрачные рабочие процессы: отслеживаем задачи в Gitlab.
4. Светлый, просторный офис рядом с парком, в 10-15 минутах ходьбы от станции метро Щукинская и МЦД Стрешнево.
5. Индивидуальное рабочее место с мощным ноутбуком и двумя мониторами.
6. Посещение семинаров, школ, конференций и других мероприятий за счет работодателя.

Стек технологий:

• Язык разработки: Python, bash
• Работа с пайплайнами: Docker, CWL
• Совместная работа над кодом: GitLab